Ο αρχαιολογικός χώρος κατοικήθηκε από τη Νεολιθική εποχή (6000 π.Χ.). Το πρώτο ανάκτορο κατασκευάστηκε το 1900 π.Χ. και καταστράφηκε έπειτα από σεισμό γύρω στο 1700 π.Χ. Τη θέση του πήρε ένα καινούργιο οικοδόμημα το οποίο είχε και αυτό την ίδια τύχη με τα υπόλοιπα μινωικά ανάκτορα στην μεγάλη καταστροφή του 1450 π.Χ.
Στη περιοχή αυτή βασίλευε η δυναστεία του Σαρπηδόνα, μικρότερου αδελφού του Μίνωα.
Ο πρώτος αρχαιολόγος που διενήργησε ανασκαφές στη περιοχή ήταν ο Ιωσήφ Χατζηδάκης το 1915. Αργότερα παραχωρήθηκε το δικαίωμα των ανασκαφών στη Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή Αθηνών.
Ο χώρος παρουσιάζει ομοιότητες με τα υπόλοιπα μινωικά ανάκτορα, όπως π.χ. η Κεντρική Αυλή του, η οποία είναι λίγο μικρότερη από τις αντίστοιχες κεντρικές αυλές της Φαιστού και Κνωσού. Το ανάκτορο δεν ήταν τόσο επιβλητικό όπως αυτά της Κνωσού και Φαιστού, ήταν χτισμένο με πέτρες της περιοχής και δεν περιείχε τοιχογραφίες.
Οι πιο σημαντικοί χώροι του ανακτόρου είναι οι εξής: Η Δυτική Αυλή με διαδρόμους που οδηγούσαν σε αποθήκες, Η Βόρεια Αυλή και η Κεντρική Αυλή με σκάλες και τον κεντρικό Βωμό, τα Βασιλικά Διαμερίσματα του ανακτόρου, η Κουζίνα, η Αίθουσα του Βασιλικού Θρόνου, διάφοροι χώροι λατρείας, η «Υπόστυλη» κρύπτη, η κρύπτη πολύτιμων αντικειμένων, και οι δεξαμενές νερού.
Εκτός από το ανάκτορο έχουν έρθει στο φως ορισμένες συνοικίες της πόλης και το νεκροταφείο της στη θέση Χρυσόλακκος, 500 μέτρα βόρεια της αρχαίας πόλης. Εκεί βρέθηκε, εκτός των άλλων, το περίφημο χρυσό περιδέραιο με τις μέλισσες, το οποίο εκτίθεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.
