Το ανάκτορο χρίστηκε πάνω σε ύψωμα, δίπλα στον ποταμό Καίρατο και καταλάμβανε μια έκταση περίπου 22.000 τ.μ. Γύρω από αυτό απλωνόταν μια πόλη 100.000 κατοίκων. Το ανάκτορο ήταν πενταόροφο και διέθετε πάνω από 1.000 δωμάτια. Γύρω από την κεντρική αυλή με άξονα βορρά-νότο αναπτύσσονται τέσσερις πτέρυγες με τα κυριότερα κτήρια. Οι τοίχοι του ήταν διακοσμημένοι με υπέροχες τοιχογραφίες που απεικόνιζαν κυρίως θρησκευτικές τελετές.
Στο ανάκτορο μπαίνει κανείς σήμερα από τη Δυτική Αυλή. Στα δεξιά βρίσκεται η προτομή του Έβανς και στα αριστερά βλέπει κανείς τρεις κυκλικούς λάκκους, τις λεγόμενες κουλούρες, οι οποίες χρησίμευαν μάλλον για την αποθήκευση των σιτηρών. Αργότερα, μετά το τέλος της μινωικής περιόδου, χρησιμοποιήθηκαν ως τόπος συλλογής απορριμμάτων. Ένας διάδρομος οδηγεί από εκείνο το σημείο στον Διάδρομο της Πομπής. Ονομάστηκε έτσι από τις τοιχογραφίες που βρέθηκαν στους τοίχους του και απεικόνιζαν μια πομπή από νέους και νέες, που έφερναν προσφορές στους θεούς. Τα επιβλητικά Προπύλαια, νότια του ανακτόρου, ήταν διακοσμημένα με τοιχογραφίες, όπως αυτή του περίφημου Ρυτοφόρου (το πρωτότυπό του βρίσκεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου), η οποία είναι τμήμα της τοιχογραφίας από το Διάδρομο της Πομπής. Στη νότια πλευρά της Κεντρικής Αυλής βρίσκεται αντίγραφο της περίφημης τοιχογραφίας «Ο Πρίγκιπας με τα Κρίνα» η οποία απεικονίζει έναν νεαρό άνδρα που φοράει στο κεφάλι του ένα στέμμα από φτερά και κρίνα. Στη νότια πρόσοψη του ανακτόρου, πάνω σε κρηπίδα θα δείτε τα Ιερά Διπλά Κέρατα.
Η Κεντρική Αυλή, διαστάσεων 60x30 μ., θα πρέπει να ήταν περιτοιχισμένη είτε από ψηλά κτίρια, είτε από τείχος. Χώριζε τα επίσημα κρατικά διαμερίσματα και τις αποθήκες στη δυτική πλευρά από τα ιδιωτικά βασιλικά διαμερίσματα της ανατολικής πλευράς του ανακτόρου. Σύμφωνα με μια θεωρία σε αυτήν γίνονταν θρησκευτικές τελετές και ταυρομαχίες, κάποιοι άλλοι ισχυρίζονται ότι επρόκειτο για τον χώρο, όπου η Αριάδνη συνήθιζε να χορεύει.
Η Αίθουσα του Θρόνου βρίσκεται στη βορειοδυτική γωνία της Κεντρικής Αυλής. Αποτελείται από Προθάλαμο και ένα μικρό Χώρο Καθαρμού. Λόγω του μικρού μεγέθους της αίθουσας αυτής, οι επιστήμονες κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι επρόκειτο για τον θρόνο ιέρειας. Δεξιά και αριστερά του αλαβάστρινου θρόνου είναι ζωγραφισμένοι στους τοίχους γρύπες, μινωικό σύμβολο ισχύος. Η αίθουσα αυτή προστατεύεται από ξύλινο κιγκλίδωμα, όμως στον Προθάλαμο υπάρχει ξύλινο αντίγραφο του θρόνου, το οποίο οι επισκέπτες μπορούν να φωτογραφήσουν και να καθίσουν σε αυτόν. Δίπλα από την Αίθουσα του Θρόνου υπήρχε ένα μικρό ιερό και ακριβώς δίπλα από αυτό βρίσκεται ένα δωμάτιο με ένα είδος πυροστιάς, όπου πιστεύεται ότι ήταν το Μαγειρείο.
Μετά την Αίθουσα του Θρόνου μπορείτε να ανεβείτε τη Μεγάλη Σκάλα που οδηγεί στον πάνω όροφο, το Piano Nobile. Σε αυτό το τμήμα βρίσκονταν διάφορες αίθουσες υποδοχής, όπως επίσης το Θησαυροφυλάκιο του Ιερού. Στη δυτική πλευρά βρίσκονταν τα επίσημα κρατικά διαμερίσματα και το λογιστήριο. Σε αυτό το σημείο βρέθηκαν σωροί από πήλινες πινακίδες γραμμένες σε Γραμμική Γραφή Β (1400 π.Χ.), οι οποίες περιείχαν λογαριασμούς. Στο τέλος του υπαίθριου Μακρύ Διάδρομου μια σκάλα οδηγεί στο ισόγειο, όπου βρίσκονταν οι Δυτικές Αποθήκες. Σε αυτές βρέθηκε μεγάλος αριθμός από τεράστια πιθάρια, όπου οι Μινωΐτες αποθήκευαν λάδι, κρασί, σιτηρά κλπ.
