Το 1964 οι αρχαιολόγοι Γιάννης και Έφη Σακελλαράκη άρχισαν τις ανασκαφές στην περιοχή και έφεραν στο φως έναν μινωικό οικισμό κάτω από τη σημερινή πόλη, όπως επίσης μια μινωική έπαυλη, η οποία βρισκόταν στη τούρκικη συνοικία. Ο οικισμός κατοικούνταν αδιάκοπα από την Προανακτορική μέχρι και τη Νεοανακτορική περίοδο (2500-1400 π.Χ.). Η καλοδιατηρημένη έπαυλη χρονολογείται από τη Νεοανακτορική περίοδο (1700-1400 π.Χ.) και είχε τις προδιαγραφές των ανακτόρων της Κνωσού και Φαιστού. Για την ανοικοδόμησή της είχαν χρησιμοποιηθεί ακριβά υλικά, όπως μάρμαρο και γύψος. Ήταν περιτοιχισμένη από ψηλούς τοίχους και διέθετε εξαιρετικό σύστημα ύδρευσης-αποχέτευσης. Ορισμένα από τα ευρήματα της έπαυλης εκτίθενται σήμερα στο Αρχαιολογικό Μουσείο Αρχανών.

Η Μινωική Νεκρόπολη στο Φουρνί

Ένα χιλιόμετρο βορειοδυτικά των Αρχανών, στη θέση Φουρνί βρίσκεται το μεγαλύτερο μινωικό κοιμητήριο που βρέθηκε ποτέ στη Κρήτη. Το 1967 ο Γιάννης και η Έφη Σακελλαράκη ανακάλυψαν ταφικά συγκροτήματα, τα οποία χρονολογούνται από το 2500 έως το 1200 π.Χ. Η νεκρόπολη αποτελείται από θολωτούς τάφους μέσα στους οποίους βρέθηκαν αξιόλογα αντικείμενα, όπως κοσμήματα κλπ. Ένα μυκηναϊκό ταφικό συγκρότημα, απλοί τάφοι αλλά και διάφορα κτίρια είναι ορισμένα από τα ευρήματα που έφεραν στο φως οι ανασκαφές.

Το νεκροταφείο αποτελείται από 26 κτίρια από τα οποία τα σημαντικότερα είναι:

Ο Θολωτός Τάφος Α. Πρόκειται για τον εντυπωσιακότερο όλων. Κατασκευάστηκε στο πρώτο μισό του 14ου αι. π.Χ. και αποτελείτο από ένα πλευρικό δωμάτιο, στο οποίο βρέθηκε η σαρκοφάγος μιας πριγκίπισσας ή ιέρειας με αξιόλογα και πλούσια κτερίσματα, όπως χρυσά περιδέραια, σφραγιστικά δακτυλίδια, χάλκινα και ελεφάντινα αγγεία και ένα σκελετό θυσιασμένου αλόγου. Τα ευρήματα εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.

Ο Θολωτός Τάφος Β. Είναι το μεγαλύτερο ταφικό συγκρότημα του κοιμητηρίου. Αποτελείτο από 12 χώρους, η κατασκευή του ανάγεται πριν το 2000 π.Χ. και φαίνεται ότι χρησιμοποιήθηκε μέχρι το πρώτο μισό του 14ου αι. π.Χ. Το κτίριο έχει ορθογώνιο σχήμα και θόλο στο κέντρο του.

Ο Θολωτός Τάφος Γ. Κατασκευάστηκε ανάμεσα στο 2500-2100 π.Χ. και είναι υπέργειος. Έχει παράθυρο στο νότιο τμήμα του θόλου του και περιείχε πλούσια κτερίσματα τοποθετημένα σε σαρκοφάγους αλλά και διασκορπισμένα στο δάπεδο.

Ο Θολωτός Τάφος Δ. Περιείχε μια πλούσια κτερισμένη γυναικεία ταφή του 14ου αι.

Ο Θολωτός τάφος Ε. Αυτός ο υπέργειος τάφος πιθανολογείται ότι είναι ο πρώτος που κατασκευάστηκε στο Φουρνί, καθώς οι πρώτες ταφές του χρονολογούνται από το 2400 π.Χ. Χρησιμοποιήθηκε μέχρι το 2100 π.Χ. και περιείχε αρκετές ταφές και πλούσια κτερίσματα.

Ο Μυκηναϊκός Ταφικός Περίβολος. Αυτό το ταφικό συγκρότημα βρίσκεται στο βόρειο τμήμα του νεκροταφείου και αποτελείτο από επτά λακκοειδείς τάφους του 14ου αι. π.Χ. Οι ορθογώνιοι τάφοι ήταν λαξευτοί στο φυσικό βράχο. Μέσα σε κάθε λάκκο είχε τοποθετηθεί μια σαρκοφάγος. Όλοι οι τάφοι περιείχαν πλούσια κτερίσματα.

Το ταφικό κτίριο 3. Αυτό το καλοδιατηρημένο τετράγωνο κτίριο χρησιμοποιήθηκε πριν από το 2000 π.Χ. μέχρι και μετά το 1400 π.Χ. Περιείχε πλούσια κτερίσματα.
 

Το ταφικό κτίριο 4. Βρίσκεται σχεδόν στο κέντρο της ανατολικής πλευράς του νεκροταφείου. Πρόκειται για ορθογώνιο κτίριο με δυο πτέρυγες, χτισμένο σε διάφορα επίπεδα. Χρησιμοποιήθηκε το 1550-1500 π.Χ. πιθανόν για την προετοιμασία του νεκρού πριν τη ταφή του. 
 

Το ταφικό κτίριο 6. Αποτελείτο από έξι αίθουσες ορθογώνιου σχήματος και κατασκευάστηκε πριν το 2000 π.Χ. Περιείχε διάφορα κτερίσματα και πολλά κρανία.

Το ταφικό κτίριο 19. Αυτό το κτίριο χρησιμοποιήθηκε το 2100-1950 π.Χ. Οι τοίχοι που περιβάλλουν την αψίδα του είναι εξαιρετικά παχείς, πιθανόν για τη στήριξη του κτιρίου. Οι ταφές περιείχαν πολλά πλούσια κτερίσματα.

Ανεμοσπηλιά  

Στους βόρειους πρόποδες του Γιούχτα ,τρία χιλιόμετρα βορειοδυτικά των Αρχανών, στη θέση Ανεμοσπηλιά βρέθηκε ένας μινωικός ναός.  Ο αρχαιολόγος Γιάννης Σακελλαράκης έφερε στο φως το 1979 έναν απομονωμένο ναό, ο οποίος πιθανότατα να καταστράφηκε από σεισμό γύρω στο 1700 π.Χ. Το ορθογώνιου σχήματος κτίριο είχε τρις στενές αίθουσες. Στην κεντρική αίθουσα του βρέθηκε το ξόανο κάποιας θεότητας που πιθανολογείται ότι λατρευόταν εδώ. Η ανατολική αίθουσα ενδέχεται να χρησίμευε για αναίμακτες θυσίες. Παρόλα αυτά η πιο σημαντική ανακάλυψη έγινε αδιαμφισβήτητα  στη δυτική αίθουσα: μέσα σε αυτή βρέθηκαν οι σκελετοί τριών ανθρώπων που είχαν λάβει μέρος σε ανθρωποθυσία. Ο ένας σκελετός είχε κοσμήματα και πιθανόν να ανήκε σε κάποιον ιερέα, ο άλλος ήταν γυναικείος, ίσως της βοηθού του. Ο τρίτος σκελετός βρέθηκε τοποθετημένος πάνω σε βωμό και ανήκε σε έναν νεαρό άνδρα, ο οποίος σύμφωνα με τους επιστήμονες ήταν ήδη νεκρός όταν έγινε ο σεισμός. Έξω από την αίθουσα βρέθηκε ένας τέταρτος σκελετός, ενός άνδρα. Κοντά στο σώμα του είχε ένα πολύτιμο αγγείο, που ίσως να περιείχε το αίμα του νεαρού άνδρα από την ανθρωποθυσία.  

Βαθύπετρο

Σε απόσταση περίπου δύο χιλιομέτρων νότια των Αρχανών στη θέση Βαθύπετρο βρίσκονται τα ερείπια μιας μινωικής έπαυλης και ένας μινωικός αμπελώνας. Η έπαυλη ήταν μεγάλη σε μέγεθος, διέθετε διάφορα πατώματα, πολλά δωμάτια, μια κεντρική αυλή και ένα ιερό. Σε ένα από τα εργαστήρια της έπαυλης βρέθηκε το πιο παλιό πατητήρι της Ελλάδας, όπως επίσης γεωργικά εργαλεία που χρησιμοποιούνταν τα μινωικά χρόνια. Γύρω από την έπαυλη υπάρχει ένας αμπελώνας, ο οποίος λέγεται ότι είναι ο αρχαιότερος στον κόσμο. (Οι Μινωΐτες ήταν άριστοι οινοπαραγωγοί 3.500 χρόνια πριν.

Ο Γιούχτας

Ένας χωματόδρομος πριν το Βαθύπετρο οδηγεί στην κορυφή του όρους Γιούχτα (υψόμετρο 810 μέτρα). Κατά τη μυθολογία επρόκειτο για το μέρος ταφής του Δία και γι'; αυτό το λόγο θεωρούνταν από τους Μινωΐτες ιερό βουνό. Η ίδια η κορυφογραμμή του βουνού έχει τα χαρακτηριστικά του προσώπου ενός ξαπλωμένου άνδρα, ενισχύοντας έτσι τον μύθο για τον Δία. Στο βόρειο τμήμα της κορυφής του βρίσκονται τα ερείπια ενός Ιερού Κορυφής της Μεσομινωικής περιόδου. Οι αρχαιολόγοι ανακάλυψαν εδώ μεγάλο αριθμό ειδωλίων αλλά και κοσμημάτων, τα οποία εκτίθενται σήμερα στο Μουσείο Ηρακλείου. Στη κορυφή βρίσκεται επίσης ένα ξωκλήσι αφιερωμένο στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος, όπου κάθε χρόνο στις 6 Αυγούστου γίνεται πανηγύρι. Η εκπληκτική θέα από την κορυφή του βουνού είναι πανοραμική, καθώς μπορείτε να θαυμάσετε από ψηλά όχι μόνο την γύρω περιοχή αλλά ακόμα και τα βουνά Ψηλορείτης και Όρος Δείκτη.